La Comisión de Asociaciones de la ASAEE está compuesta por representantes de cada una de las Asociaciones de Territoriales y Profesionales que forman parte de la ASAEE. Esta Comisión, de hecho, viene a representar el espacio de la antigua FAAEE (Federación de Asociaciones de Antropología del Estado Español). Cuenta, por tanto, con representación de las asociaciones de antropología afiliadas pertenecientes a gran parte de las nacionalidades y comunidades autónomas del Estado español.
En líneas generales, se trata de Asociaciones científicas con personalidad jurídica propia y sin ánimo de lucro, cuyo objetivo principal es hacer posible el contacto para facilitar el conocimiento de las actividades y problemáticas de cada una de ellas, favorecer el intercambio de información y actividades, así como estimular la colaboración entre las mismas de cara a aunar intereses.
En la práctica, la mayoría de ellas (salvo aquellas que se incorporaron más recientemente a la FAAEE), han asumido la organización de los congresos estatales celebrados hasta la fecha con carácter trianual. En paralelo, todas estas asociaciones desarrollan diferentes actividades científicas y académicas en relación con la antropología, con fines formativos y de difusión (cursos, seminarios, congresos, jornadas, etcétera), tratando de cubrir las demandas y expectativas tanto de sus afiliados/as como del entorno social en el que se radican, en un sentido más amplio.
Asociaciones que integran la ASAEE: