Las Comisiones son órganos consultivos de gobierno de la ASAEE, a la vez que órganos intermedios de representación. Las Comisiones poseen plena autonomía para realizar sus funciones y trabajar en todas aquellas cuestiones específicas que sean de su competencia. Su función es fundamentalmente consultiva para la Asamblea General y el Comité Ejecutivo. Como órganos de representación que son, cumplen una función de delegación entre los miembros y la Asamblea General. En total hay 3 Comisiones: la Comisión Académica, la Comisión Profesional y la Comisión de Asociaciones.
- La Comisión de Asociaciones: La Comisión de Asociaciones de la ASAEE está compuesta por representantes de cada una de las Asociaciones de Territoriales y Profesionales que forman parte de la ASAEE. Esta Comisión, de hecho, viene a representar el espacio de la antigua FAAEE (Federación de Asociaciones de Antropología del Estado Español). Cuenta, por tanto, con representación de las asociaciones de antropología afiliadas pertenecientes a gran parte de las nacionalidades y comunidades autónomas del Estado español.
En líneas generales, se trata de Asociaciones científicas con personalidad jurídica propia y sin ánimo de lucro, cuyo objetivo principal es hacer posible el contacto para facilitar el conocimiento de las actividades y problemáticas de cada una de ellas, favorecer el intercambio de información y actividades, así como estimular la colaboración entre las mismas de cara a aunar intereses.
En la práctica, la mayoría de ellas (salvo aquellas que se incorporaron más recientemente a la FAAEE), han asumido la organización de los congresos estatales celebrados hasta la fecha con carácter trianual. En paralelo, todas estas asociaciones desarrollan diferentes actividades científicas y académicas en relación con la antropología, con fines formativos y de difusión (cursos, seminarios, congresos, jornadas, etcétera), tratando de cubrir las demandas y expectativas tanto de sus afiliados/as como del entorno social en el que se radican, en un sentido más amplio. - La Comisión Académica: Son miembros colectivos de pleno derecho de tipo B las universidades, públicas o privadas, que, teniendo en común la función de impartir docencia y títulos legales en cualquier de los niveles académicos universitarios establecidos -diplomatura, licenciatura, grado, postgrado o doctorado-, sean admitidos como tales, previo voluntario cumplimiento de los requisitos que se consignan en el artículo siguiente. Asimismo, serán miembros colectivos de tipo B los centros equivalentes, como los organismos públicos de investigación, que impartan docencia y/o desarrollen investigación con reconocimiento y validez académica en las mismas condiciones exigidas a las universidades.
La Comisión Académica está compuesta por representantes de cada uno de los departamentos y áreas de Antropología de ámbito académico que formen parte de la ASAEE. Su función primordial es tratar los problemas derivados de los Planes de Estudio y de toda aquella normativa que afecte a los mismos, así como la problemática del profesorado y del alumnado de Antropología. También se ocupa de la imagen de la Antropología entre los estudiantes y cuantos problemas académicos se deriven de la docencia de la Antropología.
El antecedente inmediato de la Comisión Académica es la CEGA (Comisión estatal del grado en Antropología), que fue creada en 2003 con el objetivo de garantizar la presencia de un grado en Antropología en el mapa de titulaciones adaptadas al EEES. La CEGA trabajó intensamente en esa primera etapa, de 2003 a 2010, hasta conseguir su propósito y desde entonces ha mantenido un ritmo bianual de reuniones para tratar los problemas derivados de la docencia de la Antropología. - La Comisión Profesional: Comprende aquellas entidades no universitarias con personalidad jurídica, públicas o privadas, que sean titulares de instituciones que se dediquen al ejercicio profesional de la Antropología. Quedarán también contemplados aquí los Museos u organismos que, en sus diferentes ámbitos de actuación, contribuyan al desarrollo y profesionalización de la Antropología. El propósito principal de esta comisión es establecer un foro de debate permanente sobre el quehacer antropológico, deontología, salidas profesionales y todas aquellas otras cuestiones que afecten directa o indirectamente a los/as antropólogos/as como profesionales.
Cada Comisión se regirá autónomamente, desarrollando las normas de funcionamiento que considere más adecuadas. Cada Comisión elaborará el procedimiento por el cual nombrará a sus representantes en la Asamblea General.